Tương tự như hàng ghế sau, không gian chứa đồ của Mazda CX-5 cũng nhỏ hơn so với nhiều đối thủ trong phân khúc. Nhưng người sử dụng sẽ dễ dàng chất hàng hóa vào trong cốp hơn nhờ chiều cao khoang tải trọng cao hơn và nắp cốp ngắn hơn so với nhiều đối thủ khác trong phân khúc. Bên cạnh đó, diện tích lưu trữ hàng hóa sẽ được tăng lên đáng kể bởi vì hàng ghế thứ hai chia tỷ lệ 40:20:40 và có thể gấp gọn gần như bằng phẳng với sàn cốp xe. Ở không gian tiêu chuẩn, xe có thể chứa vừa hai va li cỡ lớn mà không cản trở tầm nhìn phía sau.